Die Antwort ist unbekannt. Es gibt verschiedene Theorien. Genetisch oder hormonale Einflüsse bzw. sehr frühe Kindheitserlebnisse werden verdächtigt. Die Situation ist weitaus schlechter untersucht als die Ursachen der Homophilie.
Die Frage nach den Ursachen der Pädophilie muß deutlich unterschieden werden von den Gründen von Pseudo-Pädophilen - Personen, die nicht pädophil sind - Sex mit Kindern zu machen. Das erste ist eine sexuelle Orientierung, das zweite ein Verhalten, das alle möglichen anderen Gründe hat. Das viele Forscher diese Unterscheidung nicht gemacht haben, ist eine der Ursachen dafür daß es kaum abgesicherte Resultate gibt.
So z.B. die weit verbreitete "Verführungs"-Theorie, daß "Mißbraucher in ihrer Kindheit selbst mißbraucht wurden". Sie mag einen gewissen Wert bei der Erklärung von Kindesvergewaltigungen haben (obwohl sie selbst dort umstritten ist). Mit den Ursachen von Pädophilie hat dies nichts zu tun.
Unzulänglichkeitsgefühle gegenüber Frauen betrachtet z.B. Schorsch als einen Aspekt, der zu Pädophilie führt. Solche Männer seien der Konfrontation mit einer erwachsenen Frau nicht gewachsen und fühlen sich nur sicher und stark, wenn ihnen die Frau in Gestalt eines Kindes begegnet.
Dies trifft jedoch eher für die Gruppe zu, die von Brongersma als Pseudo-Pädophile bezeichnet wird.
Für die Erklärung der eigentlichen Pädophilie bietet sich an, sich auf die von verschiedener Seite bemerkten und auch von den Pädophilen selbst akzeptierten Identifizierung des Pädophilen mit dem Kind auszugehen. Dies bietet Psychoanalytikern wie Schorsch reichliche Möglichkeiten, über "Wiederholung der eigenen Kindheit" etc. zu spekulieren.
Es ist bemerkenswert, daß die Pädophilen selbst ein relativ geringes Interesse an dieser Frage haben. Sie empfinden ihre Pädophilie als integralen Bestandteil ihrer Natur und wollen normalerweise keine Änderung, wenn sie sich nicht durch den Druck der Gesellschaft dazu genötigt sehen.
Das Interesse an dieser Frage kommt somit eher von außen - von Leuten, die die Klärung der Ursachen als erster Schritt zur Schaffung einer wirksamen Therapie interessiert.